El virus se identificó por primera vez en 1947 en Uganda, específicamente en el bosque Zika

Se descubrió en un mono Rhesus cuando se realizaba un estudio acerca de la transmisión de la fiebre amarilla en la selva. se identificó por primera vez en 1947 en Uganda, específicamente en el bosque Zika.

Más tarde, en 1952, análisis confirmaron la infección en seres humanos en Uganda y Tanzania. Pero fue en 1968 que se logró aislar el virus con muestras provenientes de personas en Nigeria.

La rápida difusión del virus, en los últimos años, se debe a la gran movilidad y facilidad de transporte y comunicación entre las personas (mundo globalizado).